今更Eclipse！
引き継ぎ案件で、NDKで対応している箇所を外す必要があったのでやってみました。
参考はこちら
http://stackoverflow.com/questions/11504258/how-to-remove-native-support-from-an-android-project-in-eclipse-because-eclipse#answer-23804805
http://pilcrowpipe.blogspot.jp/2011/12/removing-native-support-from-android.html